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一、公司章程的修改应按照什么程序进行
1.由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案。
2.股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过;股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。
3.公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。如股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准;属于向社会公开募集的，须经国务院证券管理部门批准。
4.公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记;未涉及登记事项，送公司登记机关备案。
5.公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告。
6.修改章程需向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。
二、公司章程修改在实践中容易出现的问题
1、大股东滥用“资本多数决”，损害小股东利益
修改公司章程属于特别决议事项之一，即必须经代表三分之二以上表决权的股东同意方能通过，及所谓的“资本多数决”的原则。资本多数决原则是民主表决机制在公司领域的应用。它以“一股一权”为基础，体现了股东形式平等原则，是股东形式平等原则的必然逻辑延伸。该原则虽然在一定程度上能促进公司决策变得高效，但实质上这种规则使得具有控制权的大股东在股东(大)会中处于支配地位，导致其意志常常上升为公司意志，从而对公司和小股东的利益产生一定的约束力或影响力。可见，资本多数决导源于股东平等原则，却又因内在的缺陷导致其易被大股东滥用，从而妨碍股东实质平等的实现。因此，“资本多数决”原则只实现了股东的形式平等，而并不能体现股东实质上的平等，实质上甚至可能使得股东民主的基础丧失。
“资本多数决”原则的滥用，是指大股东为实现自己或第三人所追求的某种利益，损害或限制其他股东利益或公司利益，而行使其表决权或运用其基于大股东之资格所具有的影响力。由于公司法强制性规定，对章程的修改必须通过三分之二以上多数决定才能通过，因此，在公司章程修改的过程中，大股东很可能基于“资本多数决”原则而随意修改公司章程，或者在公司章程中添加或变更对小股东或者公司不利的条款，这种资本多数决的滥用在一定程度上必然影响小股东的利益甚至是公司的利益。实践中，大股东滥用资本多数决原则损害小股东或者公司的利益的情况是很普遍的，也被学者或法律实践工作者所重视。
2、小股东滥用“否决权”，损害大股东及公司利益
小股东滥用“否决权”目前在学界以及实践中对此关注还不是很明显，在于小股东滥用“否决权”的出现情形比较少，基本上很难遇到这样的情况。但很少不代表不会出现小股东滥用“否决权”的情形就不存在。
相关法律规定：《公司法》
第十一条设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
第十二条公司的经营范围由公司章程规定，并依法登记。公司可以修改公司章程，改变经营范围，但是应当办理变更登记。
公司的经营范围中属于法律、行政法规规定须经批准的项目，应当依法经过批准。
第十三条公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。
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